Y Cyngor yw'r corff sy'n rheoli'r sefydliad, a chan y Cyngor y mae'r awdurdod ar faterion gweinyddol ac ariannol. Y mae'n gyfrifol am reoli holl gyllid y sefydliad, ac am sicrhau bod ei gynlluniau strategol yn cael eu gweithredu'n gywir, a thrwy hynny am sicrhau bod y sefydliad yn gweithredu'n effeithiol o fewn i'w adnoddau. Diffinir pwerau'r Cyngor yn y Siarter a'r Ystatudau. Disgwylir i aelodau gymryd cyfrifoldeb corfforaethol er mwyn sicrhau bod y Cyngor yn arfer y pwerau hyn yn gywir a thrwyadl. Y mae rheolaeth a llywodraeth y sefydliad wedi eu hangori ar rai egwyddorion sylfaenol a gynhwysir yn adroddiad Pwyllgor Dearing. Ymhlith y rhain y mae parch at ymreolaeth pob sefydliad, a'r parodrwydd i drafod materion llywodraethol yn agored gan gydnabod yr angen am fod yn atebol i garfannau o fewn ac oddi allan i'r sefydliad.
Mae'r Cyngor yn cyfarfod o leiaf deirgwaith y flwyddyn. Hysbysir yr aelodau o ddyddiadau'r cyfarfodydd arferol cyn dechrau bob blwyddyn academaidd; disgwylir iddynt wneud pob ymdrech i fod yn bresennol, ac i roi gwybod i'r Cofrestrydd ac Ysgrifennydd os yw amgylchiadau'n eu rhwystro rhag bod yn bresennol. Gellir gwahodd aelodau i wasanaethu hefyd ar bwyllgorau sefydlog a phwyllgorau/panelau achlysurol.
Wrth eu penodi bydd aelodau'r Cyngor yn derbyn copi o Ganllawiau Pwyllgor Cadeiryddion y Prifysgolion (CUC) ar gyfer aelodau Cyrff Llywodraethol Addysg Uwch, a gofynnir iddynt ymgyfarwyddo â phrif egwyddorion ac argymhellion y canllawiau, ac yn benodol â'r "Crynodeb o Gyfrifoldebau Aelodau Cyrff Llywodraethol".
Cynigir rhagarweinad a rhaglen hyfforddiant i aelodau. Gall hyn gynnwys sesiynau a drefnir yn fewnol gan y sefydliad, neu gan gyrff neu asiantaethau eraill ar ran grwp o sefydliadau Addysg Uwch. Anogir aelodau'n gryf i fanteisio ar ragarweiniad a rhaglenni hyfforddiant o'r fath.
Disgwylir i aelodau'r Cyngor ymddwyn yn unol â safonau uchaf atebolrwydd a chywirdeb.
Y mae arian cyhoeddus yn cael ei ymddiried i ofal y Cyngor, ac felly mae ganddo ddyletswydd arbennig i gydymffurfio â safonau uchaf rheolaeth gorfforaethol bob amser, ac i sicrhau ei fod yn gweithredu gan roi ystyriaeth briodol i'r dulliau cywir o ymddwyn mewn busnes cyhoeddus. Cafodd sefydliadau Addysg Uwch eu cynnwys ymhlith y cyrff sy'n gwario arian cyhoeddus a archwiliwyd gan Bwyllgor Safonau Bywyd Cyhoeddus, ac mae disgwyl felly i aelodau cyrff llywodraethol gydymffurfio â Saith Egwyddor Bywyd Cyhoeddus a luniwyd gan y Pwyllgor sef:
Ymddygiad anhunanol - Mewn swydd gyhoeddus dylid gwneud penderfyniadau ar sail lles cyhoeddus yn unig. Ni ddylai aelodau ddod i benderfyniad er mwyn elw ariannol nac unrhyw elw materol arall iddynt eu hunain, i'w teuluoedd na'u cyfeillion.
Gonestrwydd - Ni ddylai unrhyw rai sy'n dal swydd gyhoeddus eu rhoi eu hunain mewn sefyllfa lle mae ganddynt ymrwymiad ariannol nac ymrwymiad o unrhyw fath arall i unigolion na mudiadau allanol, a allai ddylanwadu arnynt wrth iddynt gyflawni eu dyletswyddau swyddogol.
Gwrthrychedd - Wrth gyflawni dyletswyddau cyhoeddus, gan gynnwys gwneud penodiadau cyhoeddus, dyfarnu contractau neu argymell unigolion am wobrau a manteision, dylai'r sawl sydd mewn swydd gyhoeddus wneud dewisiadau o'r fath ar sail teilyngdod.
Atebolrwydd - Mewn swydd gyhoeddus mae person yn atebol i'r cyhoedd am benderfyniadau a gweithredoedd, a rhaid felly cydymffurfio ag unrhyw archwiliad sy'n addas i'r swydd.
Ymddygiad Agored - Mewn swydd gyhoeddus rhaid bod mor agored â phosibl am bob penderfyniad a gweithred. Rhaid rhoi rhesymau am benderfyniadau, a chadw gwybodaeth yn ôl yn unig pan fydd buddiannau cyhoeddus ehangach yn amlwg yn mynnu hynny.
Gonestrwydd - Mewn swydd gyhoeddus mae'n ddyletswydd ar berson i datgan unrnyw fuddiannau preifat yn ymwneud â'u dyletswyddau cyhoeddus, ac i gymryd camau i ddatrys unrhyw wrthdaro, a hynny mewn modd sy'n gwarchod buddiannau'r cyhoedd.
Arweiniad - Dylai'r sawl sydd mewn swydd gyhoeddus hybu a chefnogi'r egwyddorion hyn trwy arweiniad ac esiampl.
Y mae'r Cyngor wedi sefydlu cofrestr o "fuddiannau" aelodau, a rhaid i'r holl aelodau roi arni wybodaeth berthnasol, h.y. unrhyw fuddiannau a allai fod yn berthnasol i'w haelodaeth o'r Cyngor. Bwriedir i'r gofrestr fod ar gael i unrhyw aelod o'r cyhoedd a hoffai ei gweld. Gofynnir i aelodau hefyd roi gwybod i'r sefydliad os oes unrhyw newid yn digwydd i'w hamgylchiadau personol a allai fod yn berthnasol i'r ffaith eu bod yn aelod o'r Cyngor.
Gofynnir i aelodau nodi a chydymffurfio â'r polisi o ganllawiau ar ddadlennu gwybodaeth gyhoeddus. (Atodiad 1)